Eis o articulado da Lei 3/2008, ainda em vigor, curiosamente emanada do Parlamento e não do Governo.

Artigo 18.º
Faltas
1 — A falta é a ausência do aluno a uma aula ou a outra actividade de frequência obrigatória, ou facultativa caso tenha havido lugar a inscrição.
2 — Decorrendo as aulas em tempos consecutivos, há tantas faltas quantos os tempos de ausência do aluno.

3 — As faltas são registadas pelo professor ou pelo director de turma em suportes administrativos adequados.

Artigo 19.º
[…]

1 — São consideradas justificadas as faltas dadas pelos seguintes motivos:
[vai até à letra k]

2 — O pedido de justificação das faltas é apresentado por escrito pelos pais ou encarregado de educação ou, quando o aluno for maior de idade, pelo próprio, ao director de turma ou ao professor titular da turma, com indicação do dia, hora e da actividade em que a falta ocorreu, referenciando -se os motivos justificativos da mesma na caderneta escolar, tratando -se de aluno do ensino básico, ou em impresso próprio, tratando -se de aluno do ensino secundário.

3 — O director de turma, ou o professor titular da turma, deve solicitar, aos pais ou encarregado de educação, ou ao aluno, quando maior, os comprovativos adicionais que entenda necessários à justificação da falta, devendo, igualmente, qualquer entidade que para esse efeito for contactada, contribuir para o correcto apuramento dos factos.
4 — A justificação da falta deve ser apresentada previamente, sendo o motivo previsível, ou, nos restantes casos, até ao 3.º dia útil subsequente à verificação da mesma.
5 — Nos casos em que, decorrido o prazo referido no número anterior, não tenha sido apresentada justificação para as faltas, ou a mesma não tenha sido aceite, deve tal situação ser comunicada no prazo máximo de três dias úteis, pelo meio mais expedito, aos pais ou encarregados de educação ou, quando maior de idade, ao aluno, pelo director de turma ou pelo professor de turma.
6 — O regulamento interno da escola que qualifique como falta a comparência do aluno às actividades escolares,
sem se fazer acompanhar do material necessário, deve prever os seus efeitos e o procedimento tendente à respectiva justificação.

E a coisa continua. O problema não é a ausência de distinção entre faltas justificadas e injustificadas. O problema era a ganga que se lhe colocou em cima.

Como os professores eram considerados burros e não percebiam o conceito, saiu um despacho em Novembro de 2008 que procurava explicar que havia faltas justificadas que não poderiam ter o mesmo efeito das injustificadas:

Considerando que a adaptação dos regulamentos internos das escolas ao disposto no Estatuto do Aluno nem sempre respeitou o espírito da lei, permitindo dúvidas nos alunos e nos pais acerca das consequências das faltas justificadas, designadamente por doença ou outros motivos similares;
Considerando que o regime de faltas estabelecido no Estatuto visa sobretudo criar condições para que os alunos recuperem eventuais défices de aprendizagem decorrentes das ausências à escola nos casos justificados;
Tendo em vista clarificar os termos de aplicação do disposto no Estatuto do Aluno, determino o seguinte:
1 — Das faltas justificadas, designadamente por doença, não pode decorrer a aplicação de qualquer medida disciplinar correctiva ou sancionatória.
2 — A prova de recuperação a aplicar na sequência de faltas justificadas tem como objectivo exclusivamente diagnosticar as necessidades de apoio tendo em vista a recuperação de eventual défice das aprendizagens.

Ou seja, alguém -muita gente – entre a 5 de Outubro e o Parlamento anda com um certo e determinado défice de literacia em matéria de legislação na área educativa.